教学模式：先学后教,当堂训练。学校精神：现实与创新。教学风格：爱与尊重，科学指导。学习风格：独立合作，勤奋探索。管理模式:“走出去,请进来”。加强与世界各国的沟通与交流,积极扩大对外影响。办学理念:全面发展打基础,发展个性育人才。办学思想:以“三个面向”为指针,融古今中外百家之长,继承、借鉴、融合、创新。全面发展打基础,发展个性育人才。办学目标:以德育为核心,以培养学生的创新。
学校注重办学特色的彰显，深入推进教学改革，举办新安医学教改实验班，建立临床客观结构化考试中心。设立大学生课外科技创新与创业基金；开展“百人获奖、千人参与、万人受益”的大学生知识技能竞赛和“挑战杯”等各级各类竞赛活动；广泛开展各类社会实践活动。2010—2015年学校共有学生200余人次在学术科技与创新创业领域获省部级以上表彰和奖励80 余项。学校曾被授予全国大中学生志愿者“三下乡”社会实践活动先进集体。近五年以来，学校毕业生平均就业率在94%以上，连续获得安徽省普通高校就业工作“先进集体”或“标兵单位”称号。
学校大力推进科技强校战略，积极促进教学水平与人才培养质量的提高。近5年来，学校共承担各级科研项目1540项，其中包括国家科技支撑计划项目“新安医学传承与发展研究”、以国家重点研发计划“安徽省高品质道地中药材规模化种植及精准扶贫示范研究”等国家级项目近200项，取得研究成果310项，获得省部级以上科技奖励41项（其中国家科技进步二等奖1项，中华中医药学会科技奖一等奖1项，省科技奖一等奖3项）。现有10个省级科技创新团队，41个省级以上重点实验室及工程（技术）研究中心。建立了安徽省中药材科技产业战略联盟。学校被国家科学技术部授予“全国科技特派员工作先进集体”称号，被国家中医药管理局授予“中医药科技管理工作先进集体”称号。学校获中华中医药学会“推动中医药学术发展特别贡献奖”。
学校不断加强产学研用合作，服务地方经济社会建设能力不断增强。学校与黄山、亳州、六安、桐城、庐江、绩溪、舒城、太和等10余个市县人民政府签订全面合作协议，与华润三九、江苏康缘、亿帆鑫富、海南海力、广州一方、安徽济人药业等国内知名中医药企业签订战略合作协议，建有亳州济人药业等40余个产学研合作基地，服务地方经济社会发展的能力不断提升。积极为政府在出台有关中医药发展规划和相关政策提供决策咨询，学校在国家中药现代化科技产业（安徽）基地建设中做出了积极贡献。第一附属医院是全省最大的三级甲等综合性中医医院；第二附属医院是全国首家也是规模最大的三级甲等针灸专科医院；第三附属医院是国家第三批重点建设的中西医结合医院，神经病学研究所附属医院是一所国内外有影响的以“肝豆状核变性诊治”为优势的专科医院，国医堂是一所为广大患者以纯中医方式为主要医疗手段的医疗单位，其都成为开展社会服务的重要力量。
学校与美国、澳大利亚等19个国家和地区的50个医疗和教育机构建立了友好合作关系。1994年获准招收国外留学生，先后有20多个国家和地区的学员来校攻读硕士、学士学位以及临床研修。与美国、瑞典、新加坡、日本、韩国及港澳台地区的院校开展学者互访和学生交流活动。
在59年的办学历程中，学校逐渐形成了以“至精至诚、惟是惟新”为校训的优良传统。目前，学校已发展成一所以中医药学科为主，相关学科协调发展，办学层次齐全，中医药特色鲜明的高等中医药院校。
面向未来，学校将进一步坚定中医信念，弘扬中医精神，秉承“至精至诚、惟是惟新”的理念，实施“质量立校、人才兴校、科技强校、特色弘校、文化塑校、和谐融校”的办学方略，围绕特色，强化优势，提升质量，着力培育“精诚是新”中医药人才，构筑安徽中医药协同创新高地，弘扬“北华佗南新安”中医药文化，引领安徽中医药事业产业发展，建成富有特色、卓有贡献、高水平有影响的安徽中医药大学，为建设美好安徽、服务人民大众健康做出更大贡献。
