学校现有17个学院，开设本科专业30个，其中7个国家特色专业，9个广东省特色专业，6个广东省名牌专业，在校生约2万人，研究生4300余人，博士招生规模位列全国独立医学院校第二。学科覆盖医学、理学、工学、文学、管理学、法学、经济学等7大学科门类。现有10个博士学位授权一级学科，6个博士后流动站，其中医学类博士学位授权一级学科数居广东省首位，在全国医科院校中排名第二。拥有5个国家重点及培育学科，临床医学、药理与毒理学、生物学与生物化学、神经科学与行为学进入ESI全球前1%学科行列。
学校现有院士3人、双聘院士1人，国家级教学团队3个，国家教学名师3人，中组部“千人计划”入选者10人，教育部“长江学者奖励计划”入选者8人，“国家杰出青年科学基金”获得者12人，“百千万人才工程”国家级人选10人，科技部中青年科技创新领军人才1人，国家特支计划“青年拔尖人才”1人，国家“优青”4人；广东省“南粤百杰”4人，广东省“引进领军人才”4人，广东省特支计划入选者19人，广东省珠江学者岗位计划入选者20人。
科学研究：现为国家创新人才培养示范基地和国家级国际科技合作基地，拥有国家重点实验室、国家临床医学研究中心各1个，省部级重点科研平台共73个；先后获国家科技成果二等奖17项，省部级科技成果一等奖47项，获奖总数居省属高校第1。2015年获国家自然科学基金创新研究群体项目，打破广东高校10年来医学领域创新群体项目零的局面。2016年获国家自然基金218项，全国高校排名28位，2017年获国家自然基金241项，全国高校排名27位。2016发布的SCI论文收录排名位居全国高校55位。截至2017年6月，学校拥有有效发明专利475件，位居全国独立医科院校首位。
医疗实力：现有11所直属附属医院，展开床位数10727张，年诊疗量达1100余万人次。拥有17个国家临床重点专科、 60个广东省临床重点专科、12个广东省医疗质量控制中心。南方医院综合实力在复旦2016年度中国医院排行榜位居第15名，其中“科研学术”实力位居全国第7名。
