石河子大学医学院广泛开展对外交流与合作。2007年省部共建教育部重点实验室-新疆地方与民族高发病实验室通过专家评估，成为教育部重点实验室，并与复旦大学遗传工程国家重点实验室、美国阿拉巴马州大学分子医学实验室等建立了长期协作关系，力争成为兵团和自治区的医学研究与科研开发中心。2001年6月，国家教育部指定北京大学对口支援石河子大学。作为石河子大学的重点发展学院，我院也与北京大学医学部（原北京医科大学）建立了全面协作关系。截至2012年，学院与美国阿拉巴马大学医学院、北京大学医学部、华中科技大学同济医学院、上海第二医科大学、复旦大学上海医学院、武汉大学医学院等国内外医科院校建立了校际交流合作关系。
在新世纪里,石河子大学医学院将抓住机遇，以培养“宽口径、厚基础、强能力、高素质”的高级卫生技术人才为目标，发挥综合性大学学科齐全、文理渗透、医工、文结合的优势，为促进边疆各族人民卫生事业的发展和国家西部大开发战略的顺利实施做出应有的贡献。
学校坚持走产学研一体化道路，发挥大综合、强应用的学科优势，在“荒漠绿洲区高效农业与生态、动物遗传改良与疾病控制、新疆地方与民族高发病防治、新疆农产品高效贮藏与深加工、新疆特种植物药资源与开发、化工绿色工艺及新型材料技术、新疆特色农业生产机械化技术与装备、兵团经济社会发展”等具有区位优势和特色的研究领域取得了突破性进展。近年来，主持国家“973计划” 项目2项、国家“863计划”课题4项、国家科技支撑计划项目6项、国家哲学社会科学重大招标项目6项，取得科研成果300余项，获省部级以上奖励200余项。学校现有国家国际科技合作基地2个，省部共建国家重点实验室培育基地2个，教育部省部共建重点实验室2个，教育部工程中心2个，国家地方联合工程研究中心1个、国家地方联合工程实验室2个，国家大学科技园1个，农业部重点实验室1个，兵团重点实验室4个，兵团工程技术研究中心3个，兵团协同创新（培育）中心4个。自治区教育厅重点实验室4个，自治区和兵团文科重点研究基地4个。
学校拥有良好的教学、科研条件。校园面积182万平方米，校舍面积116.98万平方米，实验室面积18万平方米，绿化覆盖率41％。拥有设施完善的图书馆、体育馆、游泳馆、田径馆、标准体育场、会堂、综合教学楼等一批标志性建筑，有附属医院4个。学校2011年被评为“全国文明单位”。
学校面向全国31个省（市、区）招生，现有在校普通本科生21963人，硕士、博士研究生3928人。学校本科毕业生就业率连续多年保持在90%以上。近年来，学校先后荣获“全国普通高校毕业生就业工作先进集体”、 “全国毕业生就业典型经验50所高校”等荣誉称号。
学校积极拓展校际、校地、校企交流合作。自2001年开始，北京大学长期坚持对口支援石河子大学；2010年，以北京大学为组长单位，华中科技大学、华东理工大学、华中农业大学为副组长单位，重庆大学、江南大学、对外经济贸易大学、南京师范大学、华南农业大学为成员单位的高校团队对口支援石河子大学。学校先后与浙江大学、西北农林科技大学、陕西师范大学等30余所国内高校签订了校际合作协议；与八师石河子市、十四师昆玉市、玛纳斯县、沙湾县、和硕县等兵团、自治区30余家单位签订了校地合作协议；与新疆天业、新疆天富、天山铝业、新疆西部牧业等20余家企业建立了校企合作关系。
